我现在已经是一级注册建筑师，如果再考一个交通部的证书，可以分两个单位注册吗？

可以，交通部和建设不是分开的。挂证要交保险所以只能在两个城市的单位。比如一级建造师和交通检测师或交通监理师同时挂靠