调离本单位但在同一纳税主体的个人所得税如何计算？

《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。因此，该员工的工资薪金所得的个人所得税在实际发放时由法人机构代扣代缴个人所得税。即6月份发放1-3月份加班费应当并于该员工6月份发放的工资一并计算缴纳个人所得税，由法人机构会计部门代扣代缴个人所得税。