老板注册两家公司A和B,A为总公司,

请问你是要做总帐还是2盘帐？主要是你把自己套进去了，A和B两公司对于老板来说就是左右口袋一样的，对于你做帐的来说是2个公司，要分开做清楚；做总帐要把A和B的往来帐做好，做2盘的话，你就站在双方的立场上各自做，往来帐分清楚，做内帐和做外帐是不一样的，外帐就要全面，不能省的，要把其他没有和没有做的单据补齐，而且都是要发票做帐，然后做凭证做报表，最后才能出对外报表。