我租了一个上下两层的店铺去办营业执照的时候办理人员说房东房产证复

不是吧。现在营业场所办理不限制住房性质的啊。营业执照可以办理在住宅楼里。建议你咨询下具体依据。还是你的店铺经营范围问题呢？